Die Krankheit kann sich in sehr unterschiedlichen Schweregraden manifestieren. In schweren Fällen kann die Krankheit bei männlichen Neugeborenen schon im frühen Kindesalter tödlich sein. Bei den meisten Patienten treten die Symptome jedoch erst später auf. Häufig benötigen die Patienten eine dauerhafte Dialyse zur Entgiftung des Ammoniaks als „Bridging“ zur Lebertransplantation – die derzeit einzige kurative Behandlung. Diese ist jedoch mit einem erheblichen kurz- und langfristigen Morbiditäts- und Mortalisätsrisiko verbunden.
Bei leichterem Krankheitsverlauf kann je nach Restaktivität des Enzyms ein Teil des Proteinbedarfs mit speziellen Aminosäurepräparaten gedeckt werden. Dabei muss das Einnahmeschema strikt beachtet werden. Des weiteren stehen Natriumphenylbutyrat und L-Citrullin für die Behandlung zur Verfügung. Auch unter der verfügbaren Therapie kann es zu hyperammonämischen Krisen kommen, die neurologischen Komplikationen bis hin zum Koma auslösen können.
Es gibt einen hohen Bedarf für bessere Behandlungsmöglichkeiten des OTC-Mangels. Schon eine Enzymaktivität von 3% des normalen Niveaus kann präklinischen und klinischen Erkenntnissen zufolge schwere Krankheitsverläufe lindern. Präklinische Daten für eine Gentherapie mit einem AAV-Vektor haben an in vivo-Modellen stabile Genexpression, eine bessere Überlebensrate in Mäusen und eine Reduzierung der Hyperammonämie gezeigt.